Nelle sue collezioni il Museo offre una esaustiva panoramica della evoluzione storica di Bergamo, delle Genti che hanno abitato il suo territorio e delle loro linee di sviluppo socio-economico evolutesi nel tempo. Le sezioni museali sono tre: preistorica, egizia, romano-paleocristiana: a quest’ultima appartiene il periodo longobardo. Fin dai tempi più antichi il territorio di Bergamo è stato sede di insediamenti umani. Nella “vetrina” preistorica infatti sono presenti testimonianze del neolitico antico (7000-5500 a.C.), dell’età del rame (IV-III millennio a.C.), della prima età del ferro e più precisamente della Cultura di Golasecca (matrice proto-celtica del IX-IV sec. a.C.), della II.a età del ferro (IV-I sec. a.C.). Particolarmente dotata la collezione proto-celtica rappresentata da oggetti di ornamento e ceramiche ritrovate a Verdello, Zanica, Osio di Sopra, Fornovo S. Giovanni e Brembate.

La panoramica museale comprende anche una sezione egizia, che fu di immancabile attrazione e infine la sezione romana (I-VI sec. d.C.) e quella paleocristiana in cui è inclusa la fase longobarda. Di quest’ultima fase rendono testimonianza armi, speroni, crocette auree, fibule e altrui ornamenti rinvenuti in sepolture nella stessa Bergamo oltre che di Fornovo S. Giovanni, Stezzano, Zanica, Castelli Calepio.