Di fondazione longobarda nell'VIII sec., la chiesa due secoli più tardi è denominata “Pluteo Albo” (Pozzo Bianco) forse in ragione della presenza di un manufatto in marmo bianco di cui oggi non vi è traccia. La chiesa è citata tra i lasciti testamentari disposti nel 774 da Taido, il gasindo di re Desiderio che cita l’edificio sacro come Basilica di sant'Arcangelo Michele fuori le mura. La chiesa venne consacrata l'anno 801 al tempo del istituito da Carlo Magno, novello imperatore. La chiesa è stata oggetto di successive ricostruzioni (XII e XIII sec.) e adattamenti (XV sec. e 1900).  Nel 1226 vi venne fondata una confraternita laica che si dedicava all'assistenza dei bisognosi, soppressa nel 1805 con l’occupazione napoleonica e le spoglio delle opere che vi erano custodite. Molte di esse sono state conservate nella vicina chiesa di Sant’Andrea, mentre il grande dipinto <Matrimonio mistico di Santa Caterina da Siena> di Lorenzo Lotto è conservato presso l’Accademia Carrara.