Nell’VIII secolo accanto all’originaria basilica di San Vincenzo già esisteva - in quanto citata nel del 774 - una piccola chiesa dedicata a Santa Maria. Tra il 1137 e il 1273 sulla base del primo impianto venne eretta la chiesa di Santa Maria Maggiore che conserva all’esterno le iniziali linee architettoniche romanico-lombarde e, all’interno, altre tracce primitive sotto la pavimentazione dell’abside. In origine la chiesa svolgeva la funzione battesimale per la cattedrale di San Vincenzo e, nei periodi invernali, ospitava la celebrazione delle funzioni liturgiche. La tradizione popolare, parzialmente suffragata da documenti, narra che la costruzione dell’edificio fu fatta nel 1113 per rispettare un voto dei bergamaschi alla Madonna affinchè proteggesse Bergamo dalla peste che dilagava nel nord Italia.