La basilica fu eretta nel 585 circa e dedicata al culto ariano per volere di re Autari che con, quella edificazione, dette conferma dell’alto interesse strategico per l’area prospiciente il fiume Adda anche in funzione di controllo sul ducato di Bergamo. Dal VII sec la basilica rientrò tra gli edifici religiosi del regno che adottavano il cattolicesimo. Immutabile invece il valore di Fara Gera d'Adda che rappresentava un fondamentale caposaldo militare nello scacchiere strategico dei Longobardi lungo la linea dell’Adda e dei suoi guadi, tenuti sotto controllo da una unità militare-familiare (fara). Anche se la storia del manufatto religioso è ben radicata nella tradizione, la prima prova documentale della sua esistenza è contenuta in un diploma di Carlo il Grosso dell’883 in cui la stessa è citata come <ecclesia in onore sancti Alexandri dedicata in loco nuncupante Fara>. La tradizione riferisce che il legionario romano Alessandro, cristiano in fuga dalle persecuzioni, fosse transitato in quei luoghi prima di raggiungere Bergamo dove sarebbe stato giustiziato.  Quel che resta della basilica è stato accorpato nel Medioevo nel cosiddetto Oratorio di Santa Felicita. Con l’avvento al potere dei Franchi (774), il paese perse il ruolo di primissimo piano avuto sino a quel momento, mantenendo comunque una buona importanza rispetto ai paesi limitrofi. Verso l’anno mille, il controllo di Fara venne affidato al vescovo di Bergamo, il quale cominciò una serie di opere che fortificarono il borgo, costruendovi mura di protezione ed un castello con tanto di fossato